Először is, a 3D nyomtatás egyik legnagyobb hátránya a költség. A 3D nyomtatási technológiába való kezdeti beruházás meglehetősen magas lehet, különösen a csúcskategóriás nyomtatók esetében. Ezenkívül a 3D nyomtatáshoz használt anyagok költsége is drága lehet. Az otthoni felhasználók számára ez a 3D nyomtatást kevésbé megfizethető hobbivá teheti.
Egy másik jelentős hátrány a 3D nyomtatás sebessége. A hagyományos gyártási módszerekhez képest a 3D nyomtatás lassú folyamat lehet. Ez különösen igaz a nagyobb és összetettebb tervekre. Ez a lassú nyomtatási sebesség hosszabb átfutási időhöz és késleltetett gyártási ütemezéshez vezethet.
A 3D nyomtatás harmadik hátránya a felhasználható anyagok korlátozott választéka. Bár jelentős előrelépés történt a 3D nyomtatásban használható anyagok típusai terén, a rendelkezésre álló anyagok köre még mindig jóval korlátozottabb, mint a hagyományos gyártási módszerek. Bizonyos alkalmazásokhoz, például olyan termékekhez, amelyek nagy szilárdságot vagy hőállóságot igényelnek, előfordulhat, hogy a 3D nyomtatás nem a legjobb megoldás.
Összefoglalva, bár a 3D nyomtatásnak számos előnye van, nem mentes a hátrányaitól. A költségek, a sebesség, az anyagok korlátozott választéka és a lehetséges egészségügyi kockázatok mind olyan tényezők, amelyeket figyelembe kell venni a 3D nyomtatás gyártási módszerként történő kiválasztásakor. A vállalatoknak és magánszemélyeknek mérlegeniük kell a 3D nyomtatás előnyeit és hátrányait, hogy eldöntsék, ez a legjobb megoldás-e az igényeiknek.
